단열처리는 식품공장의 신축이나 개조에 대단히 중요한 역할을 한다.  단열처리는 천장, 벽, 바닥뿐만 아니라 스팀과 냉각수 파이프와 닥트의 보온단열, 냉동실과 냉장실 설치에 필수적이다.  시중에는 여러 가지 종류가 판매되고 있는데 식품공장에는 무독성이고 무취이며 해충이 좋아하지 않는 재질로 식품에 오염원이 되지 않아야만 한다. 식품공장의 단열재로는 스치로폼, foam glass(발포유리), 발포 폴리우레탄, calcium silicate 등이 적합한데 이들을 용도에 맞게 사용하는 것 또한 중요하다.  예로 스치로폼은 냉장고, 냉동고, 항온실, 숙성실 등의 온도가 조절되어야 하는 방을 만드는데 아이소 월 등의 샌드위치 판넬로 많이 사용되고, calcium silicate는 스팀파이프의 보온에 주로 사용한다.  발포유리는 주로 배관의 보온에 사용되는데 이는 알루미늄이나 합성수지로 싸거나 감아 부스러지는 것을 막아야 한다.  스팀파이프에 고온에서 견디지 못하는 단열재는 사용해서는 안된다.  발포 폴리우레탄은 주로 틈새, 벽 내부의 빈 공간을 메우고, 창틀이나 문틀 사출 시 많이 사용한다. 단열재의 종류를 결정할 때는 건물의 내외벽과 천장/지붕의 방식과 재질을 결정할 때 동시에 해야한다. 기존 건물을 개.보수할 경우는 기존 단열재를 교체해야 하는데 이때 단열효과뿐만 아니라 위생과 해충방제도 함께 고려해야 한다. 잘된 단열처리는 단열재 속으로 곤충이나 쥐의 침입도 막아져야 한다.  곤충들은 대부분의 단열재 속에서, 특히 가까운 곳에 먹이나 물이 있는 곳에서는 번성한다.  쥐는 화이버 그라스의 섬유 사이에서 번식할 수 있다.  그러므로 화이버 그라스나 암면(Rock wool)은 식품공장의 단열재로 권장할 수 없다.  석면(Asbestos)은 폐암을 유발하는 발암물질이므로 절대로 사용해서는 안되며 기존 공장에 있는 것은 조속히 제거되어야 한다. 단열재가 밖으로 노출되어서도 안된다.  단열재는 일반적으로 수분을 투과시키지 않고 겉면이 거칠고 청소하기 어려우며 먼지와 찌꺼기 등이 부착하기 쉽다.