지붕이나 옥상의 건축방식은 대체로 공장 건물의 건축방식에 의하여 정해진다.  만약 PC 콘크리트 벽을 사용했으면 지붕은 PC double-tee로 하는 것이 무난하다. 종래의 옥상은 핏치와 자갈을 이용하는 경우가 많았다.  그러나 이 방식은 청소가 불가능하므로 식품공장의 옥상으로 사용되어서는 안된다.  밀가루, 전분, 곡물 등과 같은 건조한 물질들이 배기구를 통하여 배출되어 나오면 새나 벌레들이 모이게 되고, 잡초도 자랄 수 있고 박테리아, 효모, 곰팡이들이 자라 악취 발생원이 될 수 있다.  이 핏치와 자갈로 만드는 옥상은 창고, 기계실, 기타 비 가공시설에는 사용해도 무난하다. 매끈한 재질의 옥상은 청소하기 쉽고 물 세척이 가능하여 적은 노력으로 청결상태를 유지할 수 있다.  이러한 지붕은 특히 제품을 옥상에 흘리기 쉬운 공장에서는 필수적이다. 환풍기나 공기처리시설을 위해서 지붕의 뚫린 곳은 반드시 완전하게 막고 물받이를 설치하고 망을 달고, 필요에 따라서는 필터를 달아서 물이나 곤충, 이취, 먼지, 미생물과 같은 외부의 오염 물질이 침입하지 못하도록 하여야 한다. 지붕이나 옥상 개구부의 뚜껑과 옥상에 설치한 공조시설들은 sandwich panel로 단열처리를 해 놓아야만 한다.  노출된 단열재는 청소하기가 어렵고 곤충이 모여들어 소굴을 형성할 우려가 있어 적절하지 못하다.